此后的3年零8个月，日军烧杀抢掠，香港遭到空前浩劫，人口锐减，经济凋零。
然而，在这极其艰难的岁月，有一支由共产党领导的抗日游击队——东江纵队港九 独立大队(前期称抗日游击队)，战斗在香港的山水间，顽强地抗击着日本侵略者。他们是这3年零8个月中唯一的一支抗战武装力量。
1941年12月9日，在日军大举进攻香港的第二天，广东人民抗日游击队为配合英美盟军作战，开辟敌占区游击战争，派出精干队伍进入香港。第二年的2月3日，以香港子弟为主的港九独立大队在新界西贡宣布成立。
当时，在反法西斯战争的战略大格局上，抗日游击队肩负着保护我方交通线，切断敌方航线的重要任务。香港地理位置特殊，具有重要的战略地位。它既是日军在太平洋地区的重要战略中转站，又是其侵略华南地区的基地。港九大队通过夺取海上运输线，截获日军运输船，牵制敌人有生力量，有效地配合了盟军在太平洋战场上的反攻。
当年的港九独立大队政委黄云鹏回忆说，香港的大屿山地理位置十分重要，它不仅控制着香港往来澳门、广州的海上航线，还可以监视香港通往太平洋的航道。日军对争夺与掌控大屿山十分重视，把活跃在大屿山的抗日游击队视为眼中钉。1944年4月，日军出动2000多人，中小型战舰40多艘，飞机4架，由一名将官指挥，海陆空全面大扫荡，历时21天。然而，扫荡最后以游击队主动出击，日军失败告终。
港九大队还是反法西斯统一战线的前哨。这支队伍专门成立国际工作小组，把营救国际友人作为一项重要任务。他们先后营救了89名国际友人，其中包括关押在监狱里的赖特上校等英军官兵，以及遇险的美军飞行员。港九大队还与盟军建立起情报合作关系，为盟军提供了大量及时有效的情报。这些情报帮助盟军准确摧毁了日军在启德机场的机库、香港海面上的补给舰船等。1944年7月，《美亚杂志》发表的《东江纵队与盟军在太平洋的战略》一文，肯定东纵在世界反法西斯战争中的重要作用。文章说：“立刻承认这些游击队的存在与潜力，包括派遣联络官，予以技术上与军火的援助，对于我们将来进攻日本的胜利已具有头等的重要性了。”
香港沦陷时，包括何香凝、柳亚子、邹韬奋、梁漱溟、茅盾、梅兰芳、蔡楚生等在内的大批滞留香港的文化人和爱国民主人士进入了日军的“黑名单”，随时可能遭受不测。香港抗日游击队克服千辛万苦，在短短数月中，使数百文化名人摆脱了日寇的搜捕，通过秘密通道，安全送往内地大后方。
为了保卫家国，驱逐敌寇，港九大队约千名游击队员中，在战斗中牺牲的有名有姓的人就达到100多人。 六十多年过去了，东江纵队港九独立大队的抗战事迹长久以来被人们口口相传。然而，由于殖民统治等原因，港九独立大队的光芒多年来被刻意“暗淡”。如今，拭去历史的尘埃，越来越多的研究者在关注和挖掘这段历史。陆续面世的不少资料显示，共产党领导下的东纵港九独立大队，无论对于沦陷的香港，对于中国的抗日战争，还是对于全球反法西斯太平洋战场，都是一个不可或缺的重要力量。
香港回归后的1998年重阳节，香港特别行政区政府举行隆重仪式，将港九独立大队在战斗中牺牲的113名烈士的名册安放在香港大会堂纪念龛，供市民凭吊。英勇抗战的港九儿女在香港历史上正式获得了他们光辉的地位。
