组织构成折叠内设机构(废止时)
部长为中将或少将，课长为大佐或中佐，班长为中佐或少佐。
3. 1. 内设机构(废止时)
总务部 总务课 庶务班 电报班 主计官 军医官 教育课(第1课，昭和18年3月起课长兼任教育总监部第1课长) 第1部(部长兼任大本营兵站总监部参谋长) 作战课(第2课) 作战班 战力班(昭和16年以前为兵站班) 航空班(大正9年8月新设) 战争指导班(第1班。昭和12年12月新设) 防卫班(昭和18年10月新设) 编制动员课(第3课，昭和20年4月起
课长兼任陆军省军务局军事课长) 编制班 动员班 资材班 第2部 俄罗斯课(第5课) 军备班 兵要地志班 文书谍报班(第10班) 欧美课(第6课) 美班 英班 法班 德班 地图班 战况班 支那(中国)课(第7课) 支那班 兵要地志班 谋略课(第8课) 总括班(第4班) 谋略班(第11班) 第3部(课长兼任大本营运输通信长官) 铁道船舶课(第10课。即运输课) 通信课(第11课) 本邦战史编纂部(昭和17年3月23日由支那事变史编纂委员会改称)
3. 2. 一度存在的机构 第4部(明治29年至昭和18年间) 内国战史课(昭和11年与战史课整合) 外国战史课(昭和11年与战史课整合) 日俄战史编纂课(大正2年3月31日废止) 战史课(第12课。昭和11年6月5日废止) 战略战术课(第13课，昭和11年8月设。课长多由战史课长兼任) 第5部(明治32年至明治41年间)
3. 3. 直属机构(废止时)
陆军大学校
陆军中野学校
陆地测量部
陆军气象部
总务部
总务课:庶务班、电报班、主计官、军医官
教育课(第1课，昭和十八年3月起课长兼任教育总监部第1课长)
第1部(部长兼任大本营兵站总监部参谋长)
作战课(第2课):作战班、战力班(昭和十六年以前为兵站班)、航空班(大正九年8月新设)、战争指导班(第1班，昭和十二年12月新设)、防卫班(昭和十八年10月新设)
编制动员课(第3课，昭和二十年4月起课长兼任陆军省军务局军事课长):编制班、动员班、资材班
第2部
俄罗斯课(第5课):军备班、兵要地志班、文书谍报班(第10班)
欧美课(第6课):美班、英班、法班、德班、地图班、战况班
支那(中国)课(第7课):支那班、兵要地志班
谋略课(第8课):总括班(第4班)、谋略班(第11班)
第3部(课长兼任大本营运输通信长官)
铁道船舶课(第10课。即运输课)
通信课(第11课)
本邦战史编纂部(昭和十七年3月23日由支那事变史编纂委员会改称)
一度存在的机构
第4部(明治二十九年至昭和十八年间)
内国战史课(昭和十一年与战史课整合)
外国战史课(昭和十一年与战史课整合)
日俄战史编纂课(大正二年3月31日废止)
战史课(第12课。昭和十一年6月5日废止)
战略战术课(第13课，昭和十一年8月设。课长多由战史课长兼任)
第5部(明治三十二年至明治四十一年间)折叠
直属机构(废止时)
陆军大学校
陆军中野学校
陆地测量部
陆军气象部
